对于已经认证的作废发票，可以采取以下处理方法：
申请红字发票
收票方需要提交开具红字发票的申请，并将申请交给开票方，由开票方开具红字发票。
收票方收到红字发票后，应做进项税转出处理，这样作废发票的处理就完成了。
进项税额转出
如果购货方已经将发票进行抵扣认证，则需进行进项税额转出处理，具体账务处理为：借：原材料等科目，贷：应交税费—应交增值税（进项税额转出）。
进项税额转出的处理应当在发现作废发票的当月进行，如果进项税额不足以承担转出的税费，可以考虑在后续月份进行转出。
系统协查与核查
作废发票在增值税稽核系统中被认定为已作废后，次月19日经过国家税务总局的详细比对核实，系统将提示“作废发票”。
抵扣凭证审核系统将向购买方主管税务机关发出协查请求，购买方主管税务机关会通知购买方进行进项税额转出处理，并将结果反馈至销售方主管税务机关。
重新开具发票
开票方在收到红字发票信息表后，需要重新开具符合规定的发票。
建议
及时沟通：一旦发现发票作废，应尽快与对方单位联系，查明原因，并进行相应的善后处置。
按规定操作：严格按照税务规定进行操作，确保红字发票的合法性和进项税额转出的准确性。
保留证据：在整个处理过程中，应妥善保留所有相关文件和记录，以备税务机关核查。
以上处理方法均基于当前税法规定，具体操作时应以最新税务规定为准，并建议咨询当地税务机关或专业会计师以获取更详细的指导。
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