关于员工迟到的扣款问题，可以得出以下结论：
用人单位依法制定内部规章制度
用人单位可以根据自身情况制定迟到的扣款规定，例如迟到员工可被扣除不超过当月工资20%的款项，但不得低于当地最低工资标准。
迟到扣款的具体标准
迟到时间不超过三十分钟者，每次扣20元；三十分钟及以上者每次扣50元；超过三小时且没有请假者，按旷工处理。
迟到或早退一分钟就扣工资10元，二分钟就20元，以此类推，超过半小时的算请假处理。
迟到或早退每分钟一元的方法计算，超过半小时的扣一百元，以累计的方法计算。
法律依据
《劳动合同法》及配套法规未明确规定员工迟到惩罚，但允许用人单位依法制定内部规章制度。
《工资支付暂行规定》第七条规定工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动法》第五十条规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
注意事项
用人单位在制定迟到扣款规章制度时，必须确保合法合规，并且需要公开公示并告知员工。
扣款不得超过基本工资的20%，且扣除后的实际收入不得低于当地最低工资标准。
综上所述，员工迟到扣款的具体操作可以根据用人单位的内部规章制度进行，但必须遵守相关法律法规，确保合法合规。建议用人单位在制定相关制度时，广泛征求员工意见，并在实施前进行公示和告知。
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