保亭县的区域原属陵水、崖县 (现三 亚市)、定安、琼海 (琼东和乐会)、万宁县管辖。清康熙二十八 年(1689年) 曾在此设宝停营作为军事据点，对黎族同胞进行统治。
1935年3月始设保亭县制，县名来自宝停营。据许崇灏《琼崖志略》记载：当时国民党广东省政府把琼崖黎族苗族聚居的五指山区划为白沙、保亭、乐东三县。保亭县是由原崖县属的不打 (现新政的报什)、六罗、抱龙 (现三亚市的高峰乡)、首弓三弓、 同甲峒、水翁峒，原陵水县属的保亭、六弓、七弓 (什岭)、乌牙 峒 (现陵水的本号)、岭门团(现陵水的是坡)、白石团 (现陵水 的隆广)、五指山、水满峒 (现属琼中县)、吊罗山，原万宁县属的税可、南桥、西峒、北峒，原乐会县属的竹根峒 (现属琼中 县)、大平峒 (现属琼中县)、加曹峒(现万宁三更罗地区)、合水 图 (现属琼中县)，原定安县的船埠 (现属琼中县)、南引图 (现属琼海市)、加冬图和母瑞山(现属定安县)等合并而成。
1947年 下半年保亭县大部分解放。1948年4月成立县人民政府，驻地保城。1958年12月1日，保亭、陵水、崖县和万宁县的国营兴隆农 场、东和农场合并，称榆林县。1959年3月，国务院批复： 撤销陵水、保亭建制，崖、陵、保合并后仍称崖县(大县)。1959年11 月14日，崖县分出保亭，恢复保亭县建制，驻通什。1962年1月 迁回保城。1959年11月，南山、富巾划给崖县藤桥公社。1961年 5月，本号划给陵水县管辖。1963年3月，红旗公社 (即通什镇)划给自治州直接领导。1968年4月成立县革命委员会，1980 年11月，重建县人民政府。1986年10月，南圣、畅好、红山、毛道区(乡镇)划给通什市管辖。1987年12月，成立保亭黎族苗族自治县。
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